Первое упоминание о Москве относится с 1147 году, но экспозиция музея охватывает еще более ранний период, ведь, согласно археологическим исследованием, на территории столицы еще в VII веке до нашей эры располагалось несколько городищ.
С 2006 года его главное здание, до этого находившееся в церкви Иоанна Богослова, расположилось в помещениях «Провиантских магазинов».
На сегодняшний день его фонды насчитывают около одного миллиона единиц хранения. Среди сокровищ коллекции – картины Ивана Айвазовского, Василия Поленова, Василия Сурикова, старинные открытки, редкие рукописные книги.
Здесь проводятся временные выставки, фестивали, концерты, конкурсы, спектакли.